De første årene av livet ble hun oppfostret hos sin bestemor Ellen Marsvin på Dalum kloster som sine søsken. 16 år gammel ble hun gift med befalingsmannen på Kalundborg slott, senere riksråd; Hans Lindenov. Ekteparet fikk et barn; Sophie Amalie Lindenov. Elisabeth Augusta lå i stadige stridigheter med sine søsken. Etter morens død arvet hun Boller og Rosenvold, men på grunn av økonomiske vanskeligheter klarte hun ikke å beholde eiendommene. Etter ektefellens død i 1659 ble hun tilstått en månedlig pensjon av sin halvbror Frederik III.