Han ble myrdet 30/12/1358 i Middelfart. Eigde Nørre, Vosborg, Estrup, Spøtrup, Aastrup, Lundholm og Støvring. Gift 2. med Ingeborg Vendelboe (f. ca 1312)

Var gift to ganger. Hans første frue var sønnedatter av Hr. Stig Andersen HvidKong Valdemar ble beskylt for å ha bestilt drapet på Nels Bugge. Bugges barn mistet Hald slått som hadde vært i slekten i lang tid. Fra folkevisen: Til Middelfart sendte Kongen bud, Hr. Bugge skulde træde imod. Hr. Bugge rider ad Middelfart Gade, Der mødte de Borgere klædte i Plade; De mødte ham de Borgere klædte i Plade; De mødte ham baade til Hest og Fod, Og alle vare de ham imod. De Middelfart Mænd, Krist give dem Træde; De vog Hr. Bugge i fredelig Lejde; De Mikkelfart Mænd, Gud give dem Skam, De vog uden Skel den velbyrdige Mand! Valdemar Atterdag søkte hjelp hos den bayerske kongefamilien, Wittelsbacher, for å styrke sin posisjon i Danmark. Han fikk her støtte av Niels Bugge.