Maria hadde i år 1565, giftet seg med sitt søskenbarn Henry Darnley, som var yngre enn henne. Marias forelskelse i sitt søskenbarn gikk fort over, da han oppførte seg både hovmodig og rått mot henne, og hun viste han også sin forakt, var kald mot han og lot han høre, at han hadde henne å takke for den stillingen han nå inntok. Henry var ganske sjalu og Maria sine uvenner benyttet seg av dette til stadig å sladre til han om Maria og hennes italienske sekretær Rizzio, en flink og trofast tjener, som hadde pukkelrygg.

En marsaften i år 1566 trengte Henry i spissen for en del sammensvorne menn inn i Dronningen sine private værelser, hvor hun hadde samlet sine venner og flere av sine hoffdamer. Rizzio var tilstede, men stod sammen med de øvrige tjenerene. De sammensvorne mennene trengte seg innpå den våpenløse Rizzio, som søkte tilflukt hos Maria. Da Maria prøvde å beskytte han, rev de han med makt løs fra hennes kjole og drepte han foran Maria. Maria sverget hevn. Og da hennes sønn Jakob var født, satte hun seg det mål å bli kvitt sin forhatte gemal gjennom skilsmisse. Men en vinternatt i år 1567 ble Henry sitt hus sprengt i luften og han selv ble funnet myrdet i hagen. James Hepburn fikk skylden for dette og faren til Henry prøvde å ta han.

Duke of Albany, Earl of Ross, Lord Ardmannoch
Murdered by an explosion of Gunpowder.
The Complete Peerage vol.VII,p.600.